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Bioinformatics tools for analysing viral genomic data
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20-orton-271-285 (361 ko)
Copyright et permissions
© OIE (World Organisation for Animal Health), 2016
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Titre
Des outils bio-informatiques pour l’analyse des données de génomique virale
Auteur(s)
ORTON R.J.;GU Q.;HUGHES J.;MAABAR M.;MODHA S.;VATTIPALLY S.B.;WILKIE G.S.
Volume
35
Num. périodique
1
Collection
Revue Scientifique et Technique
Date de parution
04/2016
Nbre/N° de page
pp. 271-285
Note-ill.
5 fig., 88 ref.
Paru dans le numéro :
Potential applications of pathogen genomics
Resume_FR
Le champ de la génomique virale et de la bio-informatique connaît actuellement un nouvel essor grâce à la technologie du séquençage à haut débit (SHD), qui permet de séquencer puis d’assembler rapidement un très grand nombre de génomes viraux, à un coût abordable. De surcroît, grâce à la puissance sans précédent des technologies du SHD, il est désormais possible d’analyser la diversité des virus au sein d’un hôte ainsi que la dynamique des quasi-espèces afin d’élucider d’importantes questions biologiques ayant trait à la transmission virale, à la résistance vis-à-vis des vaccins et au passage d’un hôte à l’autre. Le SHD permet également d’identifier rapidement des virus connus ou potentiellement nouveaux dans des échantillons de terrain ou cliniques, ce qui apporte de nouveaux outils pour la découverte des virus et la métagénomique. La bio-informatique joue un rôle central dans le développement des applications du SHD car ce domaine en constante évolution génère des séries de données aussi nombreuses que complexes dont le traitement et l’analyse requièrent en permanence de nouveaux algorithmes et logiciels. Les auteurs font rapidement le point sur les principaux outils de la bio-informatique utilisés dans la recherche sur les génomes viraux, en mettant particulièrement l’accent sur les technologies du SHD et sur leurs applications les plus importantes. Ils décrivent schématiquement les grandes étapes de différents types d’analyse recourant au SHD, depuis le contrôle qualité des lectures brutes jusqu’aux activités telles que l’assemblage de séquences consensus et de novo du génome, l’appel de variants et la métagénomique, et enfin le séquençage d’ARN.
Langue
ANGLAIS
Copyright
© OIE (World Organisation for Animal Health), 2016
Localisation
En ligne
PMID
27217183
DOI
https://doi.org/10.20506/rst.35.1.2432
Fichier lié Anglais
20-orton-271-285
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